Hola,
Sé que es un lío pero en cada distrito universitario existe un tutorial, o algo similar, para poder rellenar todo correctamente.
Fijaos bien. El de Madrid es el siguiente:
La mayor universidad presencial de España, con la mejor oferta educativa. En Madrid, rodeada de zonas verdes y con una intensa vida cultural y deportiva.
www.ucm.es
Leedlo hasta el final. Creo entender que tienes que poner la troncal de modalidad, Matemáticas II, en su lugar determinado (y no hay que repetirla). Y luego, en otro apartado, las de la fase voluntaria (probablemente Biología y Química). El propio programa cogerá las 2 mejores notas entre esas 3 materias (la que has puesto como troncal de modalidad y las que hayas puesto en el cajetín de las voluntarias). Pero, lo dicho, leed bien los tutoriales.
Mucha suerte.