Si no van a tener en cuenta las calificaciones finales de 2º de bachillerato, entonces es una tontería pedirlas.
En el email que enviaron pone: "En caso de encontrarse en “lista de espera” en alguna de sus opciones, habrá resolución definitiva en fechas posteriores, a medida que avance el proceso de ingreso. Para ello, deberá remitir las calificaciones definitivas de los estudios que esté cursando actualmente (2º de Bachillerato, 2º de Ciclo Formativo, etc.) tan pronto como le sea posible"
Entiendo que el proceso de ingreso "avanza" y que para ello van a utilizar las calificaciones definitivas.