En las alegaciones que ha presentado al proyecto de decreto de troncalidad, actualmente en trámite de audiencia, la Comisión Nacional de Medicina Familiar y Comunitaria, tras dejar claro que apoya el espíritu de la norma por la mejora que persigue el sistema troncal para la formación de los futuros médicos, buscando su formación integral, incide en una cuestión que considera «imprescindible»: el hecho de que la elección de la especialidad deba realizarse en mitad del proceso formativo, es decir, después de que el aspirante a especialista haya realizado los dos años de tronco común. El proyecto del decreto establece, sin embargo, que la elección se seguirá realizando como hasta ahora, tras realizar el examen MIR y antes de iniciar el proceso formativo.
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